В 1523 году стал игуменом Лужецкого Богородицкого монастыря в Можайске. Будучи настоятелем обители, он заводит монастырский Синодик, устанавливая поминовение всей прежде почившей братии, устраивает в монастырском соборе придел в честь своего Небесного покровителя – преподобного Макария Египетского. Но пребывание архимандрита Макария в Можайске оказалось недолгим: через три года он был призван к архипастырскому служению.
4 марта 1526 года архимандрит Макарий посвящается в архиепископы Великого Новгорода и Пскова, на самую древнюю кафедру Московской митрополии, которая к этому времени вдовствовала 17 лет. Многолетнее отсутствие епархиального владыки не лучшим образом сказалось на состоянии ее дел. Необходимые меры были направлены на реализацию решений соборов 1503–1504 годов. Было запрещено совместное проживание в монастыре иноков и инокинь. В женских монастырях игумены были заменены на игумений. Служить в женских монастырях было предписано белым священникам. Светские лица, проживавшие при монастырях, оттуда были удалены.
Владыка Макарий заботится о миссионерском просвещении северных народов огромной Новгородской земли. Он неоднократно посылает туда священников для проповеди Евангелия, повелевая разорять языческие требища, искоренять языческие обряды и все кропить святой водой.
Святитель способствовал составлению нового Владычного летописного свода. Много внимания владыка уделял реставрации старинных икон и храмов, в Софийском соборе были поновлены фрески. Была предпринята первая попытка собрать воедино все книги «в русской земле чтомые», первая редакция знаменитых Великих Макарьевских Четьих Миней. В свод входили как жития святых, так и дидактические и богословские произведения. В 1541 году все 12 томов свода, первая редакция, были переданы в библиотеку Софийского собора; вторая редакция в 50-х годах дана вкладом в кремлевский Успенский собор, а третью позднее получил первый русский царь. 19 марта 1542 года святитель Макарий был избран митрополитом на Московскую кафедру. В 1547 году в Москве впервые в истории состоялось царское венчание Московского государя Иоанна IV Васильевича, которое совершил святитель Макарий. В 1552 году митрополит благословил царя идти на Казань и предсказал ему грядущую победу и одоление. Позднее в память об этом событии был построен в Москве собор Покрова на Рву, известный ныне как храм святого Василия Блаженного. После казанской победы в Русской Церкви была создана новая обширная епархия, в которой началась миссионерская деятельность с поставленном туда первого Казанского святителя – архиепископа Гурия.
В 1547 и 1549 годах святитель созывает в Москве Соборы, которые по праву остались в истории Русской Церкви с именем Макарьевских. На них решался вопрос прославления русских святых. До этого прославление святых осуществлялось на Руси по благословению и властью местного архиерея, поэтому подвижники почитались лишь в землях своих трудов и подвигов. Митрополит Макарий же, которого современники называли мучениколюбцем, созывая Соборы, подъял на себя великий труд установления общецерковного прославления и почитания святых угодников Божиих. Макарьевские Соборы явили целую эпоху в истории Русской Церкви, «эпоху новых чудотворцев». Так называли тогда всех новоканонизованных русских святых. Эти Соборы вызвали большой духовный подъем в русском обществе. В связи с прославлением новых святых под руководством митрополита была проделана большая работа по составлению житий и текстов служб.
При митрополите Макарии в 1551 году состоялся знаменитый Стоглавый Поместный собор Русской православной церкви. Сочувствуя иосифлянам, доминировавшим на Стоглавом соборе, он не допустил принятия закона о секуляризации монастырских земель, продвигаемого протопопом Сильвестром.
Немало усилий святитель Макарий приложил по организации на Руси книгопечатного дела. При нем была открыта в Москве первая типография для печатания священных и богослужебных книг.
Основой добродетельной жизни митрополита Макария был повседневный труд подвижничества, поста и молитвы. Один из неизвестных его современников писал: «Митрополиту же святейшему Макарью на Москве неподвижно живущу и правящу Слово Божие истинное... от зольного воздержания и елико ему едва ходити, кроток же и смирен, и милостив по всему, гордости же отнюдь ненавидяще, но иным отсекаше и запрещаше, злобою отроча обреташеся умом всегда совершен бываше». О высоте его духовной жизни свидетельствуют и случаи прозорливости. Он предсказал взятие русскими войсками Казани в 1552 году и Полоцка в 1563 году. Известно, что митрополит провидел грядущие бедствия Русской земли, которые принесла ей опричнина, учрежденная царем вскоре после его блаженной кончины.
В середине сентября 1563 года, на память мученика Никиты, святитель совершал крестный ход, во время которого сильно простудился и заболел. Он повелел сообщить о своей немощи в место своего пострижения, в Пафнутьев-Боровский монастырь, и попросить игумена прислать ему старца духовного. К святителю был прислан старец Елисей. 4 ноября святитель в последний раз молился в Успенском соборе. Затем святитель у всех смиренно испросил прощения. 3 декабря митрополит Макарий извещал государя, что по немощи намерен оставить митрополию и «отъити на молчалное житие» на место своего пострижения в Пафнутиев монастырь. Государь вместе с наследником явился на митрополичье подворье и умолял его не оставлять митрополии. Только 21 декабря он дал согласие оставаться на кафедре, но через 10 дней, в последний день 1563 года, владыка Макарий скончался. 1 января 1564 года состоялось его погребение в Успенском соборе.
Канонизирован в лике святителей на Поместном соборе Русской Православной Церкви в 1988 году.
